溶解多肽是非常復雜的事情，一般很難一下子確定合適的溶劑。通常是先取一點試驗，在沒有確定合適的溶劑前千萬不要全部溶解。 下列方法有助于您選擇合適的溶劑：(1) 判定多肽的電荷特定，設定酸性氨基酸Asp(D),Glu(E)和C端COOH為-1;堿性氨基酸Lys(K),Arg(R),His(H)及N端NH2為+1,其它氨基酸的電荷為0。計算出將電荷數。(2) 如果凈電荷數>0，多肽為堿性，用水溶解：如果不溶解或溶解性不大，加入醋酸(10%以上);如果多肽還不能溶解，加入少量TFA(25ul)溶解，然后加入500ul水稀釋。(3) 如果凈電荷數<0，多肽為酸性，用水溶解;如果不溶解或溶解性不大，加入氨水(25ul)溶解，然后加入500ul水稀釋。(4) 如果凈電荷數=0，多肽為中性，一般需要用有機溶劑如乙腈，甲醇或異丙醇，DMSO等溶解。還有人建議需要尿素來溶解疏水性很大的多肽。
