1、環境 菌種生產提倡清潔生產，菌房事先應消毒處理，最好采用2種以上方法交叉消毒，避免雜菌產生抗藥性。出現雜菌的菌袋應及時隔離處理，嚴重的必須及時遠扔深埋，不能在生產場地堆積。
2、原料 選擇經濟實用、來源廣泛的原料，已霉變、腐爛的原料不要采用。培養料中各種物質的配制比例要適當，特別是要有適宜的碳氮比。對不同種類的食用菌菌種應選擇適宜的pH值。培養料的含水量要合適，拌料要均勻，配好料及時分裝。
3、滅菌 滅菌是菌神生產的關鍵，滅菌要徹底。常壓蒸汽滅菌注意滅菌倉內不能有死角；高壓蒸汽滅菌排放冷空氣要徹底，防止產生假壓，影響滅菌效果。
4、接種 接種要選擇優良菌株。接種必須在無菌條件下進行。對培養基、接種工具、操作環境需嚴格滅菌，接種過程嚴守無菌操作規程，不得混入任何雜菌，以確保菌種質量。
5、培養 菌種培養過程中要經常檢查，發現有雜菌感染應立即取出，沒有適時萌發的菌瓶(或試管)應單獨陳放或補種。經常檢查和調節溫度，使菌絲在適溫下生長。當菌絲快要長滿時，將培養溫度降低2-3℃，則菌絲將更加健壯有力，適當通風換氣，保持菌房空氣新鮮。
6、貯藏 菌種長好之后應及時使用，此時菌絲處于最佳生長期，接種到新的培養料上能表現較強的適應性。存放過久，培養時間太長，養分消耗多，菌絲老化，生活力顯著下降，增加后期污染。若暫時不用，要放在低溫、干燥、清潔的室內避光保存。
