RNA提取原理

RNA提取原理
提取時，加lv仿后分三層：水相(含rna,可能還有少量DNA），中間白色薄層（應該是蛋白和DNA），下層有機相（lv仿和蛋白等）
lv仿是分子量比較大的有機溶劑，在提取RNA時，lv仿可以有效的使有機相和無機相迅速分離。DNA提取過程 有機相中主要是酚和蛋白結合，從而使得蛋白和DNA脫離，DNA進入水相。但是在RNA的提取過程就要避免蛋白和DNA脫離，否則DNA會釋放到水相。不管有酚也好，沒有酚也好，lv仿本身也對蛋白有變性作用，劇烈的震蕩，很容易使得DNA的親水基團，與水相接觸。所以不要劇烈震蕩。

yi丙醇的作用是通過-OH的疏水作用使得RNA 或者鏈中的親水基團受到保護，等同于沉淀，但是這是個反應時發生在水相中，與前面的lv仿不矛盾。
lv仿的作用有多個方面，一是作為有機溶劑變性蛋白，使其沉淀并通過離心除去，同時也通過變性作用抑制RNase活性；二是RNA提取試劑中通常含有ben酚（Trizol主要成分就是ben酚，很多自己配試劑提的方法也用ben酚，抽提蛋白時也會用到ben酚），ben酚微溶于水，抽提烷之后水相里有痕量的酚，如果不除去會損傷核酸，需要通過lv仿把水相里參與的ben酚抽提掉；三是作為溶劑抽提樣品中的一些脂溶性雜質（比如油脂、脂溶性色素等），起到一定除雜作用。
因為細胞中存在DNA酶，在提取之前細胞破碎的時候沒有加DNA酶抑制劑，DNA已經被分解了。上層水相，PH 5.1左右，當溶液pH在酸性的時候，DNA分子就會沉淀在酚與溶液的界面，只有RNA分子留在水相。而當pH接近中性時，DNA就會溶解在水相，（導致PH中性的大概原因是trizol與樣品比例不對，應該盡量保證提取量的前提下使trizol過量）
TRIzol Reagent 提取total RNA步驟：
1. 查下表根據樣品量選擇適當的 TRIzol Reagent體積裝入50ml RNase-free離心管中，注意樣品體積不能超過TRIzol Reagent體積的10%。

2.將組織樣品放入TRIzol Reagent中，高速下勻漿15-30秒/次，直至看不見組織和細胞碎片。
3.室溫溫育10分鐘。
4. 據表2加入適量體積的lv仿，劇烈震蕩15秒鐘，然后室溫下溫育3分鐘。
5. 4oC，12000g離心15分鐘，形成淡紅色的ben酚/lv仿有機相，中間相和上層水相，水相約占TRIzol體積的60%。
6. 轉移上清于另一個Rnase-free的 50ml離心管中。根據表2加入適量yi丙醇，-20oC沉淀1小時以上。
7. 4oC，12000g離心10分鐘。
8. 去上清，據表2加入適量體積的75%的乙醇混勻。
9. 4oC，7500g離心5分鐘。
10．去上清，空氣中干燥或真空抽干RNA沉淀，但不要太干。加入適量體積的DEPC-WATER，溶解沉淀。
11．取少量RNA用于測定其OD值和電泳，其余置-80oC冰箱中保存,